Жалоба была подана в Басманный суд Москвы, но 24 января решением Басманного суда была передана по подсудности в Ингодинский райсуд. В жалобе Ходорковского на действия (бездействие) следователей - порядка 30 пунктов. В ней, в частности, говорится, что даже когда следственные действия были завершены официально, они фактически продолжались, а также, что следствие скрывает от защиты собранные доказательства, опровергающие предъявленные обвинения и не приобщает к материалам дела необходимые для защиты документы.

Кроме того, защита Ходорковского указала в жалобе, что следователи своевременно не вручили постановление о возбуждении второго уголовного дела обвиняемой стороне. По утверждению адвокатов, хотя второе уголовное дело было возбуждено 2 декабря 2004 года, копию постановления о возбуждении дела Ходорковскому вручили только 27 декабря 2006 года. Тогда же состоялся его первый допрос в качестве подозреваемого. В суде защита высказала мнение, что Ходорковского фактически лишили законного права на защиту, так как он, не зная сути расследования и имен следователей, не мог ни ходатайствовать об их отводе, ни давать объяснения и показания по поводу имеющихся у следствия подозрений.