Европейский суд признал, что Россия нарушила право ОАО "ЮКОС" на защиту собственности. Также суд признал, что дело рассматривалось в суде несправедливо. Однако суд счел, что дело не являлось политическим. Кроме того, решено, что нарушения допускались с 2000 по 2001 год, в то время как истцы указывали на нарушения, совершенные в 2000-2003 годах.
Дело "ЮКОСа" было возбуждено после того, как в 2003 году депутат Госдумы Владимир Юдин обратился в Генпрокуратуру с требованием проверить законность приватизации горно-обогатительного комбината "Апатит". По итогам прокурорской проверки были арестованы глава "ЮКОСа" Михаил Ходорковский и руководитель МФО "МЕНАТЕП" Платон Лебедев. К компании предъявили налоговые претензии, в результате она потеряла основное добывающее предприятие "Юганскнефтегаз", доставшееся государственной "Роснефти". В 2007 году "ЮКОС" был ликвидирован как юридическое лицо.
Весной 2011 года Европейский суд рассмотрел личную жалобу Ходорковского на незаконное уголовное преследование. Суд не признал дело политическим, однако несколько жалоб были признаны обоснованными, и Россию оштрафовали на 10 тысяч евро. Кроме того, РФ обязали выплатить компенсацию издержек на сумму 14543 евро.
В настоящее время к рассмотрению личной жалобы в Европейском суде готовится Платон Лебедев. 19 сентября его адвокаты заявили, что не будут продолжать добиваться условно-досрочного освобождения через российские суды, так как собираются сосредоточиться на разбирательстве в ЕСПЧ.